海洋生态保护与建设子系统主要用于开展保护区建设管理、生态环境评价及项目管理；海洋生物物种信息、海洋保护物种信息、海洋入侵生物物种信息的管理，海洋生物多样性评估；典型生态系统信息及生态状况评价；生态修复项目的申请审批及成果管理；生态红线管理评估与建设项目预警；生态文明示范区申请审批与管理成效评估；海洋生态补偿项目和生态损害赔偿项目管理等工作。
海洋生态保护与建设子系统包括海洋保护区建设与管理、海洋生物多样性保护、海洋生态系统保护、海洋生态红线区管理、生态文明示范区管理、海洋生态补偿/赔偿管理6个一级功能模块。
